رفتار مدرس و تسلیم ناپذیری او در مقابل کارهای خلاف و امور غیر منطقی برای گروهی ناگوار بود،
از اینرو تصمیم گرفتند به نحوی این روحانی مبارز را به قتل برسانند.
در یکی از روزها سیدابوالحسن سدهی – که از طلاب شیفته مدرس بود
و در مدرسه جده بزرگ در می خواند – از مدرس دعوت کرد تا فردای آن روز ناهار را با دوستان دیگر در حجره او میل کنند.
این خبر به گوش مخالفان رسید و آنها که در پی فرصتی مناسب می گشتند، قرار گذاشتند
تا هنگام ورود مدرس به مدرسه جده بزرگ، از دو سو به طرفش تیراندازی کنند.
یکی از آنان که هنوز در ته دل عقیده ای داشت و تبلیغات مسموم دیگران نتوانسته بود چراغ ایمانش را خاموش کند، چگونگی این نقشه خطرناک را به میزبان مدرس اطلاع داد.
سیدابوالحسن سدهی با شنیدن این خبر خوفناک سراسیمه خود را به مدرس رسانید و اظهار داشت: «آقا، اوضاع آشفته است و بیم کشته شدن شما می رود و خواهش میکنم امروز به حجره من تشریف نیاورید و دعوتم را پس می گیریم!»
ولی مدرس قبول نکرد و با شجاعت و آرامش خاصی گفت:
«خیر، من امروز حتما به مدرسه جده بزرگ می آیم!» و پس از اتمام درسش در مدرسه جده کوچک، بدون آنکه بیمی به دل راه دهد به سوی حجره میزبان در مدرسه جده بزرگ به راه افتاد.
مدرس وارد صحن مدرسه شد و به کنار جوی آبی که از میان مدرسه می گذشت، رسید.
شخصی به نام عبدالله از اهالی سمیرم با تفنگ ششلول سینه اش را هدف قرار داد.
مدرس با چابکی تمام زیر دستش زد، به طوری که تفنگ به جوی آب افتاد و آن شخص پا به فرار نهاد.
این گروه وقتی فهمیدند که نقشه اول ناکام ماند. فوری نقشه دوم را به اجرا گذاشتند و فردی که علی قزوینی نام داشت،
از طبقه دوم مدرسه چند تیر پیاپی به مدرس شلیک کرد؛ ولی تمامی گلوله ها بجای فرو رفتن در سینه مدرس به دیوار مدرسه اصابت کرد.
اهالی بازار با شنیدن صدای گلوله وحشت زده به داخل مدرسه ریختند و مجرمان را گرفته، به محضر آقا آوردند.
حجت الاسلام سید علی اکبرمدرس (برادر مدرس) نقل می کند:
من هر دو مجرم را - که مثل گنجشک می لرزیدند- در چنگ خود گرفتم ولی آقا فرمودند:
«من از اینها شکایتی ندارم، آزادشان کنید بروند جایی مخفی شوند، مبادا مأموران حکومتی بیایند اینها را بگیرند!»
به مردم هم گفت: دنبال کار خود بروند.
سپس با متانت و کمال خونسردی به اتاق سید ابوالحسن آمد و سر سفره نشست.
میزبان سکنجبین را از سر سفره برداشت و به مدرس گفت: «آقا، ترشی برای شما خوب نیست.
قدری نمک بخورید چون ترسیده اید.»
مدرس لبخندی زد و گفت: «در وجود من ترس راه ندارد، من باید حوادث بزرگتر از این را ببینم.»
و ظرف سکنجبین را از سید ابوالحسن گرفت و بر سر سفره نهاد
